Ранг полковник
В Конгреса Сикълс се присъединява към южните демократи и сам е привърженик на робството. Но след избухването на войната Сикълс изведнъж става привърженик на съюза. Последната му сесия в Конгреса приключва през март, така че когато войната започва, Сикълс се връща в Ню Йорк и практикува право. В по-късните версии на мотивите си да се присъедини към армията на Съюза той заявява, че смята, че може да служи най-добре на Съюза, като създаде полк. Президентът републиканец Линкълн се нуждае от подкрепата на демократите и очевидно вижда в Сикълс човек, който може да използва. След като създава полк, а след това и бригада, която нарича бригада "Екселсиор", Сикълс предполага, че ще получи чин бригаден генерал (полковник командва полк, а бригаден генерал - бригада). Но официално той остава полковник на първия полк, въпреки че командва цялата бригада. Губернаторът на Ню Йорк Едуин Д. Морган решава, че има твърде много полкове от Ню Йорк и нарежда на Сикълс да разформирова някои от полковете. В резултат на това Сикълс няма да получи назначение за бригаден генерал. Заобикаляйки губернатора, Сикълс отива във Вашингтон, за да се срещне с Линкълн. Президентът се съгласява да запише разформированите полкове като доброволци на Съединените щати. Накрая на 20 юли 1861 г. те получават заповед да се явят в Харпърс Фери, Западна Вирджиния. През септември Сикълс е номиниран за бригаден генерал на доброволците, но утвърждаването му се забавя с няколко месеца от Сената на Съединените щати. Бригадата на Сикълс прекарва по-голямата част от 1861 г. в долната част на Мериленд. По това време Сикълс често посещава Линкълн във Вашингтон. През март 1862 г. командването му е прикрепено към генерал Джоузеф Хукър в армията на Потомак. През същия месец Сенатът отказва да назначи Сикълс за бригаден генерал. През същия месец екселсиорите виждат първата си битка. Сикълс лично ръководи разузнаване. След това на 6 април той напуска Excelsiors и заминава за Вашингтон, за да протестира срещу това, че не е произведен в бригаден генерал. Докато подразделението му се сражава в кампанията на полуострова, Сикълс остава във Вашингтон. Линкълн отново го номинира за генерал и на 3 май 1862 г. Сенатът го утвърждава.
Бригаден генерал
На 24 май "бригаден генерал" Сикълс получава заповед да докладва на Хукър. Той получава командването на 2-ра бригада на Хукър. Сикълс участва в първия си голям бой в битката при Seven Pines. След това Сикълс участва в Седемдневните сражения. Настъплението на Хукър не върви добре, отчасти поради това, че бригадата на Сикълс изпитва трудности при придвижването си през блатата, след което среща силна съпротива от страна на Конфедерацията. Когато някои от войниците му се откъсват и бягат в тила, Сикълс успява да накара само неколцина да се върнат. Въпреки това в доклада на Хукър е отбелязана доблестта на Сикълс, който се опитва да събере хората си. Той не се задържа дълго и пропуска втората битка при Бул Рън и битката при Антиетам, тъй като е в Ню Йорк и набира хора за бригадата си. Когато Амброуз Бърнсайд заменя Джордж Б. Макклелан като командир на армията на Потомак, и Хукър, и Сикълс са преместени да командват по-големи части. Сикълс все още няма почти никакъв опит на бойното поле, но вече ръководи старата втора дивизия на Хукър от III корпус. Сикълс е зает с това нюйоркските вестници и вашингтонските вътрешни хора да популяризират имиджа му на закоравял в битките генерал.
През декември 1862 г., в битката при Фредериксбърг, бригадата на Сикълс се сражава едва на третия ден. Той и войниците му наблюдават как войските на Съюза се сражават нагоре по хълма срещу конфедератите на Лий. След 14:00 ч. Сикълс най-накрая получава заповед да отиде на фронта. Водейки хората си, те установяват, че битката в техния участък в по-голямата си част е приключила. Те подсигуриха позицията си срещу ограничен снайперистки огън и няколко схватки, но иначе не видяха никакви сражения.
Генерал-майор
Когато Бърнсайд е сменен като командир на армията на Потомак, Хукър е преместен на негово място. При новите назначения, произтичащи от промяната, и въпреки че има малък опит на бойното поле, Сикълс получава временно командване на III корпус. Но Сенатът отново не потвърждава повишаването му в генерал-майор. Най-накрая, на 9 март (като рангът му е от 29 ноември), Сенатът потвърждава повишението му. До края на март Сикълс официално е генерал-майор. За разлика от предишните битки, в битката при Чанселърсвил Сикълс вижда действие. Като наблюдава фланговата маневра на конфедеративния генерал Стоунуол Джаксън, Сикълс без заповед се придвижва напред с две трети от корпуса си, за да преследва конфедератите. Това оставя XI корпус от дясната му страна напълно изолиран. След това конфедератите на Джаксън предприемат съкрушителна атака срещу XI корпус. Напускането на определената му позиция от Сикълс е основен фактор за победата на Конфедерацията. Това поставя началото на вражда между Хукър и Сикълс, която продължава и в битката при Гетисбърг. Хукър обвинява Сикълс за поражението при Чанселърсвил.
Гетисбърг
На 27 юни Хукър подава оставка като командир на армията на Потомак. Сред корпусните командири, предложени да го заместят, "Ню Йорк Хералд" всъщност предлага Сикълс като най-добрия командир за тази работа. На 28 юни, три дни преди битката при Гетисбърг, Линкълн назначава генерал Джордж Г. Мийд за заместник на Хукър. На 1 юли първият ден завършва с победа на Конфедерацията. Мийд работи, за да подготви бързо силите си за битката на следващия ден. Рано сутринта на 2 юли Мийд изпраща съобщение до Сикълс с инструкции да разположи корпуса си от 12 000 души на Гробищния хребет. Изрично му е наредено да се свърже с II корпус на генерал Уинфийлд Скот Хенкок отдясно и да разшири линията си до Литъл Раунд Топ отляво.
Сикълс не е впечатлен от новия си командир или от неговите заповеди. Около 11:00 ч. той язди до щаба на Мийд и чака да се види с него. Но командирът бил зает по това време. Чувствайки се пренебрегнат, Сикълс се върнал при войниците си. Той решава, че не харесва заповедите си. На една миля пред него се намирал Емитсбърг Роуд, който бил по-високо разположен, отколкото му било отредено да заеме. Не му харесвало и това, че сред линията му имало скали и дървета. Сикълс, без заповед или без да информира командирите на другите корпуси, придвижи корпуса си напред с около една миля. Това остави левия фланг на Хенкок напълно открит и голяма пробойна в линията, където трябваше да бъде корпусът му. Новата позиция, която той избра, беше по-широка от изоставената и той не разполагаше с достатъчно хора, за да я покрие напълно. Средата на линията му образуваше салиент (прав ъгъл в линията, който можеше да бъде атакуван от две посоки). Бригаден генерал Хенри Хънт, началник на артилерията, инспектира новата позиция заедно със Сикълс и посочи проблемите. Той каза, че трябва да се консултира с Мийд, за да види дали заповедите, които е дал на Сикълс, могат да бъдат променени. Сикълс все пак предприе ход. В рамките на един час целият му III корпус е почти унищожен от корпуса на конфедеративния генерал Джеймс Лонгстрийт. Самият Сикълс е улучен от оръдейна топка, която разбива крака му. Той е изнесен от бойното поле, а десният му крак е ампутиран няколко часа по-късно. Нараняването може и да го е спасило от военен съд за неизпълнение на заповеди, но дните му на полеви командир са приключили.