Ранно царуване
Уилям избира да бъде коронясан на Коледа. Отчасти защото смятал, че вероятността англичаните да се разбунтуват на този голям празник е по-малка. Изборът бил добър и защото вярвал, че това е Божията воля той да бъде крал. След като станал крал, Уилям прекарал няколко месеца в Англия. След това се връща в Нормандия, оставяйки Англия в ръцете на двама способни мъже. Това били неговият полубрат Одо, епископ на Байо, и Уилям ФицОсбърн. Одо става граф на Кент, а ФицОсбърн - граф на Херефорд. Останалите трима английски графове са оставени на мястото си. Когато Уилям отплавал обратно за Нормандия, с него били много от последователите му. Много от войниците му, които били платени, и други, които той искал да следи. По-специално това били английският архиепископ Стиганд и Едгар Ателинг. Той довежда и останалите си трима английски графове - Едуин, Моркар и Уолтхоф. Това беше така, за да не може никой от тях да започне бунт, докато той отсъства. Уилям имаше своите задължения у дома, за които трябваше да се грижи. Също така много от войниците му трябваше да се върнат, за да пазят херцогството.
Когато Уилям се завръща в Лондон през декември 1067 г., той започва да проучва какви проблеми са възникнали, докато го е нямало. Хертфордшър е бил нападнат от мерсианци. След това Ексетър не е приел управлението на новия крал. Уилям събира пари от всички части на Англия, които са готови да платят. Той също така свиква английските данъци. Ексетър се предаде, след като един от заложниците му беше ослепен. След като подчинил Девън и Корнуол, всичко изглеждало спокойно. В Уинчестър Уилям изпраща за съпругата си Матилда, която е коронована за кралица на Англия там на Петдесетница.
До лятото избухват още бунтове. В същото време други бягат от Англия. Едгар Ателинг, заедно с майка си и сестрите си, заминава за Шотландия, където са посрещнати радушно. На север около Йорк се събират силни антинормански групи. Граф Едуин и брат му Моркар напускат двора на Уилям, за да се присъединят към бунтовниците на север. Тогава Уилям построява замък в Уоруик. Това накарало графовете и останалите да отстъпят пред Уилям. Последвали и други замъци. След това Уилям влиза в Йорк, където други идват при него и се подчиняват. След това той преговаря с краля на Шотландия, за да предотврати всякакви нахлувания в Англия от север. Но кампанията му на север не е толкова ефективна, колкото си мисли. През 1069 г. второ въстание прераства във война. Хората, които Уилям оставил начело, били убити. Малки нормански сили се задържат в Йорк, когато Уилям им се притичва на помощ. След като построява още един замък, Уилям оставя начело граф Уилям ФицОсбърн. През следващите пет месеца на север е спокойно. Но лидерите на северните англичани изпратили известие до крал Суин в Дания, в което му предлагали короната, ако успее да победи норманите. Суин изпраща датски флот в Англия.
През лятото на 1069 г. датският флот се появява край бреговете на Кент. Той се придвижва нагоре по крайбрежието в северна посока, като извършва набези. Уилям и армията му се намирали на юг и пазели от всякакви набези. Накрая флотът се присъединява към английските бунтовници на брега на река Хъмбър. Всички останали английски графове изоставиха Уилям и се присъединиха към обединените английско-датски сили. Те се насочват срещу норманския гарнизон в Йорк и избиват всички, с изключение на няколко жени и деца. Уилям Малет, нормандец, който е живял в Англия преди 1066 г., също е пощаден.
Харинг на Севера
Северната армия на Уилям е унищожена, а Йорк е в руини. По същото време в Уелс и Югозападна Англия избухват по-малки въстания. Уилям знаел, че е в беда. Той започнал да свиква всичките си командири и войски, за да обедини силите си. Кралят знаел, че с по-малка армия трябва да се справя с по една група бунтовници. Той изпрати Уилям ФицОсбърн и Брайън Бретански да се справят с Ексетър. Самият Уилям се сражавал с армията, която се придвижвала от изток. И в двата случая нормандските армии са победени. Сега той се насочва към северните армии, които са разрушили Йорк. Но не успява да стигне по-далеч на север от Понтефракт. След няколкоседмични опити Уилям подкупва датския флот да се оттегли от Йорк за зимата. Те се съгласяват и се връщат в устието на Хъмбър, за да презимуват там. Сега Уилям може да се придвижи до Йорк. Той възстановява замъците там. След това наредил на силите си да се разпръснат и да унищожат всичко полезно за изхранване на английската и датската армия. В резултат на това се стига до повсеместен глад и жителите на района или напускат, или умират от глад. Това е прословутото притеснение на Уилям на север. Резултатът от всичко това е капитулацията на неговите английски графове и на повечето от бунтовниците в Англия. Малкото останали групи бързо били смазани от армията на Уилям. Но една група се оказала по-упорита. Тя се намирала в Честър и след принудителен марш през зимата Уилям ги изненадал, преди да са готови. След капитулацията им той построява там още два замъка, след което се връща в Уинчестър.
Владеене на Англия и Нормандия
На Уилям никога повече не му се налага да опустошава графство, както прави с Йоркшир. Той се е справил с основните заплахи за управлението си, но някои от тях са били решени само частично. Датският флот се завръща през 1070 г., този път воден от крал Свен. Те се присъединяват към малка група бунтовници на остров Ели, водени от Хереуърд Будителя. Уилям отново подкупва датчаните да напуснат и след това се справя с бунтовниците. За Хереуърд повече не се чува.
Сега Уилям трябва да управлява както Англия, така и Нормандия. Той открива, че трябва да присъства, за да държи нещата под контрол. Когато бил в Нормандия, в Англия често избухвали проблеми. Когато обаче бил в Англия, Нормандия била управлявана от съпругата му Матилда. Но Фулк Речин, новият граф на Анжу, беше отнел Мейн от контрола на Уилям. През 1073 г. Уилям трябва да си я върне обратно.
През 1082 г. Уилям арестува своя полубрат Одо, епископ на Байо и граф на Кент. Причините не са ясни, но Одо се опитва да събере армия, която да потегли към Рим. Планът му е да стане следващият папа. Уилям го изправя пред съда на остров Уайт. В допълнение към другите престъпления е и това, че се опитва да събере армия сред войниците на Уилям. Както посочва Уилям, те са били необходими за защитата на Англия. Одо протестира, че дори кралят не може да го съди. Като епископ само папата можел да го съди. Уилям отвърна, че не е заловил епископ, а графа си, когото е оставил да управлява по време на отсъствието му. Одо е заточен в Нормандия до края на живота си.
През 1083 г. кралица Матилда умира и е погребана в Кан. Двамата са били много близки и са имали разногласия само по отношение на сина си Робърт Куртоз. Робърт многократно се е бунтувал срещу баща си, но е поддържал връзка с майка си. Това е довело до разрив между тях. Филип I Френски е смятал, че е трудно васалът му да стане крал като него, и затова е изпитвал неприязън към Уилям. Тъй като не е достатъчно силен, за да се бори сам с Уилям, когато Робърт Куртоаз се разбунтува срещу баща си, крал Филип му помага.
През лятото на 1085 г. Уилям научава, че датският крал Кануте IV подготвя флот за поход срещу Англия. През есента Уилям се връща в Англия с много войници. Той трябваше да им плаща и да ги изхранва с големи разходи. Възможно е по това време той да е разбрал, че не разполага с документи за това, което му се дължи като крал. Не е знаел дали е събирал всички дължими данъци.
Книга на Домедей
По време на коледното си съвещание в Глостър през 1085 г. Уилям поискал да се направи голямо проучване във всяка част на Англия. Кралят искал да знае колко души живеят в неговото [кралство|[кралство]]. Искал да знае размера на всеки имот, каква е стойността на всеки от тях и какъв е доходът от него. Досега в Англия не е правено подобно проучване. То е уникално по своите детайли и принос към английската история. Domesday Book е първият публичен регистър в Англия.
Текстът на книгата се побира в два тома. Първият обхваща тридесет и един окръга. Заради размерите си е наречен "Големият Домесдей". Вторият обхваща графствата Есекс, Норфолк и Съфолк и се нарича "Малък Домесдей". Фактите се записват от няколко комисии, съставени от епископи и графове. Всяка група събираше информация за няколко графства. На 1 август 1086 г. на Уилям е представена голяма колекция от писмени документи. Тя се превръща в "Книга на Домесдей", въпреки че няма да бъде подвързана в книги почти още един век.
Последните години
Уилям умира в Руан, Франция, от наранявания, получени при падане от кон, който притежава.