Херефорд
Когато е млад, свири на орган в няколко църкви в Лондон и започва да композира. Пише музика за мелодрами в театрите. Когато е на 22 години, става органист на катедралата в Херефорд. Това променя живота му, тъй като кариерата му вече е съсредоточена върху църковната музика. Хорът в Херефорд не бил много добър. Органът е счупен, а жилището му не е хубаво. Въпреки това той успява да участва във фестивала на трите хорове и композира църковна музика, включително популярния химн "Благословен Бог и Отец", написан за службата на Великден, когато в хора има само момчета и един певец. Жени се за сестрата на декана на катедралата. Семейството ѝ не одобрява това и не отива на сватбата.
Ексетър
През 1835 г. се премества в катедралата в Ексетър. Той подобрява работата на хора и убеждава властите да обновят органа. Там получава добра заплата, но скоро се насища, защото спори с работодателите си. Често отива на риболов, вместо да работи, и изпраща едно от момчетата от хора да свири на орган. Един ден, когато Уесли трябвало да свири "God Save the King", той свирил "Rule Britannia". Подобно поведение не се отразило добре на репутацията му. Той искал да получи докторска степен от Оксфордския университет, затова написал химна "О, Господи, ти си моят Бог". Професорът в Оксфорд, Уилям Кроч, искал от него да направи някои промени в музиката, но той отказал. В крайна сметка все пак му дават научната степен.
Лийдс
Следващата му работа е в енорийската църква в Лийдс. Това е единствената работа в живота му, която не е в катедрала, но хорът му в Лийдс вероятно е бил по-добър от всички катедрални хорове, които е имал. Службите там са били много добри и той е подобрил хоровото пеене. По онова време Лийдс не е бил хубав град. Беше много силно замърсен от промишлеността. Уесли изкарвал допълнителни пари, като давал уроци по музика. Той бил търсен и за изнасяне на органови рецитали в различни църкви. Давал на хора да пее по-модерна музика, включително свои собствени композиции. Написва увод към книга с мелодии на псалми, в който критикува състоянието на църквата в Англия. Направил го по много личен начин и това разгневило работодателите му.
Един ден отиде да лови риба, когато трябваше да е на хорова практика. Паднал, когато се изкачвал по една стълба, и си счупил крака. След това винаги ходел куцайки. Докато бил в болницата, написал химн Cast me not away с думи от Псалм 51. Когато музиката стига до думите "костите, които си счупил", той ги поставя на странни, хрущящи акорди.
Въпреки неудобното му поведение хората в Лийдс съжаляваха, когато той си тръгна. Той дирижира представление на "Месията" и му подаряват негов портрет.
Уинчестър
Отиде в катедралата в Уинчестър. Отначало се разбира много добре с духовенството. Изпълнява и композира нова музика. Прекарва много време в събиране и публикуване на всички химни, които е написал. Създава мелодии за химни. Убеждава работодателите си да похарчат пари за подобряване на органа.
Въпреки че получава добра заплата (80 лири годишно), Уесли върши все по-малко работа. Той свирел по-малко и оставял голяма част от свиренето на учениците си, за да може да ходи на риболов и плаване. Той не харесва новия прецентър, който е назначен през 1858 г.
През 1863 г. композира химна "Дай на краля своя съд" за сватбата на принца на Уелс (бъдещия крал Едуард VII и принцеса Александра Датска). Той не харесва Уинчестър. Казвал, че там няма други добри музиканти, с които да разговаря.
Глостър
Когато се освобождава мястото на органист в катедралата в Глостър, той го приема и напуска Уинчестър много бързо. Отново се озовава в катедрала с лош хор и орган в лошо състояние, но този път изглежда не полага усилия да направи нещо по въпроса. Прекарва много време в редактиране на чужда музика. Отново, след 30-годишно прекъсване, успява да се представи на фестивала "Три хорове". Дирижирал музиката на Луи Шпор, на баща си Самюел Уесли, а също и някои произведения на младия Хюбърт Пари, който все още не бил добре познат. Когато дирижирал, често не мислел за това, което прави, и се обърквал. През 1871 г. дирижира "Страстите по Свети Матей" на Бах, която за първи път е изпълнена в Англия извън Лондон.
Предлагат му рицарско звание, но той предпочита да получи пари. Започва да боледува. Имал бъбречно заболяване. За последен път свири на орган на Коледа през 1875 г. Умира на 19 април 1876 г. и е погребан до дъщеря си в Девън. На погребението му не звучи никаква музика.