Предполага се, че действието се развива в средата на XIV в. в Генуа. Генуа (на италиански: Genova) сега е град в Италия, но по онова време Италия все още не е била една държава и Генуа, подобно на Венеция, е била малка република, управлявана от дож (на английски се произнася "Doadz". Това е италианска дума, която означава "херцог"). До времето на тази история дожът винаги е бил избиран от един от богатите патриции. Обикновените, обикновени хора (плебеите) не са могли да бъдат избирани за дожи.
В началото на историята Фиеско е дож на Генуа. Той има дъщеря Мария. Мария се влюбва в Симон Боканегра, който е плебей, така че не е достатъчно важен, за да му бъде позволено да се ожени за нея, въпреки че е станал герой, защото се е сражавал с много пирати. Симон и Мария имат дете, младо момиче. След като се ражда, тя е дадена на една старица да се грижи за нея, но един ден старицата умира и малкото дете се скита само. Граф Грималди я открива да се скита край морския бряг, взема я и се грижи за нея като за свое дете.
Никой не знае какво се е случило с детето. Граф Грималди не знае коя е тя. Мисли, че е сираче.
Пролог
Когато операта започва, Паоло, водач на плебейската партия, убеждава Пиетро да насърчи плебеите да гласуват за Симон Боканегра като нов дож на Генуа. Боканегра пристига и се съгласява, че ще бъде дож, ако бъде избран. Симон смята, че това ще накара Фиеско да му позволи да се ожени за Мария. През последните три месеца Фиеско е затворил дъщеря си в двореца, защото тя е имала дете от Симон.
Мария умира (никога не я виждаме в операта). Сега Фиеско оплаква смъртта на дъщеря си. Симон моли Фиеско да му прости. Фиеско не му казва, че Мария току-що е починала. Той обещава да му прости, само ако Симон му позволи да получи внучката си. Симон обяснява, че не може, защото детето е изчезнало. Той отива в стаята на Мария и открива, че тя е мъртва. Хората пеят щастливо, защото Симон е новият дож.
Акт 1
Историята на първо действие се развива 25 години по-късно. Симон все още е дож. Той е изпратил много от враговете си в изгнание и е отнел имуществото им. Граф Грималди е един от хората, които са били изгонени. В замъка на Грималди Фиеско се нарича Андреа Грималди, за да не знаят хората кой е той. Той заговорничи с враговете на Симон, за да го свалят от власт. Той не знае, че неговата внучка (дъщерята на Симон) е младата дама на име Амелия Грималди, която живее в замъка.
В началото на първо действие виждаме Амелия да пее красива песен за утрото, морето и звездите. Тя има любовник - Габриеле Адорно. Когато той пристига, тя го предупреждава за опасностите на политическите заговори. Донасят новината, че дожът идва. Амелия се притеснява, че дожът ще я накара да се омъжи за Паоло, затова моли Габриеле незабавно да помоли Андреа (който всъщност е Фиеско) за разрешение да се оженят. Фиеско се съгласява. Той казва на Габриеле, че тя е била бедно сираче, което е било намерено (той не знае, че това е неговата внучка). Габриеле казва, че това не го интересува, и Фиеско благославя брака.
Влиза Саймън. Той ѝ казва, че граф Грималди е получил прошка и може да се върне у дома. Той я пита дали иска да се омъжи за Паоло, но тя отказва. Тя му казва, че е сираче и му показва медальон със снимка на майка си. Симон разбира, че Амелия е неговата отдавна изгубена дъщеря. Двамата са много щастливи, че са се намерили един друг. Когато Паоло влиза, Симон му казва, че не може да се ожени за нея. Паоло е бесен и решава да отвлече Амелия.
В следващата сцена виждаме Симон, заобиколен от плебеи и патриции, членове на неговия Съвет. Те обсъждат дали да сключат мир с Венецианската република. Изведнъж навлиза тълпа, която крещи за смъртта на Симон. Те преследват Габриеле. Габриеле признава, че е убил Лоренцино заради опита му да отвлече Амелия. Когато Лоренцино умира, той казва, че важен човек му е казал да я отвлече. Адорно предполага, че Симон трябва да е наредил отвличането. Той се кани да го нападне, когато Амелия се втурва и прекратява боя Симон арестува Габриеле. Той разбира, че Паоло трябва да е истинският похитител, и кара всички (включително Паоло) да го прокълнат. В края на действието Симон и дъщеря му остават сами на сцената.
Акт 2
Паоло се страхува. Той е ядосан на Симон и решава, че трябва да го отрови. Фиеско и Габриеле са доведени. Той казва на Фиеско, че може да бъде свободен, ако убие Симон. Фиеско отказва. Точно когато Фиеско и Габриела се готвят да си тръгнат, Паоло пита Габриела дали знае, че Амелия е тук, в двореца, и има връзка със Симон. Габриеле е бесен. Когато Амелия влиза, тя отрича историята. Тя казва на Габриеле, че го обича, и се опитва да го убеди да си тръгне, но Симон идва и Габриеле се скрива.
Амелия казва на Симон, че би умряла за Габриела. Симон се съгласява да го помилва. Той отпива от отровната чаша вино, която Паоло е сложил на масата, и заспива. Габриеле се опитва да го убие, но Амелия го спира. Симон се събужда. Той казва на Габриеле, че Амелия е негова дъщеря. Габриеле моли Симон за прошка и обещава, че ще се бори за него.
Акт 3
Това се случва в голяма зала, която гледа към пристанището. Фиеско е освободен, но Паоло е осъден на смърт за това, че е ръководил въстанието срещу дожа. Паоло казва на Фиеско, че е отровил Симон. Фиеско отива при Симон, който вече умира (отровата действа бавно). Симон разпознава стария си враг, когото е смятал за мъртъв. Той с радост му казва, че Амелия е неговата отдавна изгубена внучка. Фиеско се чувства ужасно тъжен и разказва на Симон за отровата. Габриеле и Амелия току-що са се оженили. Те откриват, че баща ѝ и дядо ѝ сега са приятели. Симон моли Габриеле да бъде следващият дог, когато той умре. Фиеско отива до прозореца и съобщава на тълпата, че Габриеле Адорно вече е новият дож и че Симон Боканегра е мъртъв.
