Действието на Bionicle в периода 2001-2008 г. се развива в научнофантастичен свят, населен предимно с отчасти органични, отчасти машинни същества в подземен свят, който съществува в масивни куполи под земята. Този свят (наречен "Вселената на матораните") и неговите раси някога са били защитавани от Великия дух на име Мата Нуи, докато той не е бил хвърлен във вечен сън от злия Макута Теридакс и Братството на Макута. Светът на маторанците започва да се разпада. Но маската на живота, която се съхранявала в Мата Нуи, била изпратена в космоса, за да намери нова планета. Маската се приземи на планетата Бара Магна и маската създаде малко тяло.
През 2009 г. започва изцяло нова сага, която оставя назад предишните години и се насочва към по-нови възможности - Мата Нуи, след като е прогонен от Макута Теридакс, се приземява на мистериозна безплодна планета, наречена Бара Магна. Тук той се превръща в център на историята и намира нови съюзници, докато се опитва да намери начин да спаси маторанците и тоа от тираничното управление на Макута Теридакс.
2001 - Търсене на маските
Историята започва с шест Тоа Мата: Таху, Лева, Гали, Копака, Похату и Онуа, пристигат на остров, известен като остров Мата Нуи, без да помнят нищо друго освен имената си. Те откриват, че жителите, селяните маторианци, са изправени пред постоянни атаки от заразени рахи - диви зверове, контролирани от силното влияние на Макута Теридакс чрез използването на маски на заразени канохи, което предизвиква война, продължила около 1000 години. След като издирват и намират множество маски Канохи, Тоа получават по една златна маска Канохи с огромна сила и търсят самия Макута. След като се изправят срещу свирепите раци Манас и Сенчестите Тоа (зли двойници, подобни на илюзорни копия на Тоа ), Тоа се изправят срещу Макута и го побеждават, като обединяват стихийните си сили.
2002 г. - Рояците на Борок
След поражението си Макута освобождава древния Борок. Бохрок са роботизирани безпилотни летателни апарати, които са създадени, за да "прочистят" остров Мата Нуи до състоянието му "в предишните времена". Бохрок започват да разкъсват селата на острова, принуждавайки маторанците да бягат. Един изобретателен маторан от Земята, Нупару, построява мощно превозно средство, наречено Боксор, направено от части на повреден Бохрок, за да се бори с рояците. Тоа, които не знаят за предназначението на Бохрок, събират краните на Бохрок (маскирани същества, които функционират като техни мозъци), за да се изправят срещу кралиците на Бохрок - Бахраг: Кахдок и Гахдок. Победените Кахдок и Гахдок са запечатани в затвор, създаден от елементарните сили на Тоа. След това Тоа Мата са изложени на въздействието на вещество, наречено Енергизиран протодермис, което ги трансформира, предоставяйки им нови брони и оръжия. Те се преименуват на "Тоа Нува".
2003 г. - Стачката на Борок-Кал и маската на светлината
След като Cahdok и Gahdok са победени, рояците Bohrok са спрени и се връщат в кошерите си. Появяват се обаче шест нови елитни Бохрока, наречени Бохрок-Кал, с цел да освободят Бахраг. След това те продължават да крадат силите на Тоа Нува, които са ключът към разбиването на печата. На ръба на поражението Тоа впрягат всичките си сили в Бохрок-Кал, като ги претоварват и побеждават.
Скоро след това двама маторанци - Такуа и Джалер - откриват маската на светлината на Канохи. Те получават задачата да пътуват из остров Мата Нуи, за да намерят Тоа на светлината. Междувременно Макута създава и изпраща шест същества, наречени рахкши, които да намерят маската и да спрат идването на Тоа на светлината. Рахкши прекосяват Мата Нуи, като унищожават селата Та-Коро и Ону-Коро. Рахкши са спрени от Тоа, но не и преди да убият Джалер. Смъртта на Джалер накарала Такуа да осъзнае, че е Тоа на Светлината, и той сложил маската, за да стане Тоа Таканува. Такуанува отишъл да се изправи срещу Макута и по време на битката им двамата попаднали в басейн с енергизиран протодермис - сребриста субстанция със силата да променя или унищожава дадено същество - и се слели заедно в съществото Такуанува. След това Такутанува отвори вратата на град Метру Нуи, позволявайки на маторанците и тоа да преминат. Използвайки част от жизнената си енергия, той съживява Джалер, докато все още държи вратата отворена. Използването на енергията обаче беше твърде голямо и вратата смаза Такутанува, като изглежда уби и Такутанува, и Теридакс, оставяйки само Маската на светлината на Такутанува. Таканува е незабавно съживен, когато маската му е използвана за активиране на маяка към Метру Нуи. След това маторанците се подготвят да се върнат в островния град Метру Нуи.
2004 - Легенди за Метру Нуи
Когато маторанците се подготвят да пътуват до Метру Нуи, старейшините на селото разкриват, че някога са били тоа, които са се сражавали в Метру Нуи срещу заплахи като растителното същество Морбузак и контролираните от Думе отряди на Вахки. Те, като маторанци, са били превърнати в Тоа Метру с помощта на Тоа камъни, съдържащи сила, пожертвани от Тоа Лхикан. Тяхната мисия била да намерят шестте Велики диска и да победят Морбузакх - растителна заплаха, която заплашвала да унищожи града. Когато го направили обаче, те били предадени от Думе, турага на града. По-късно те откриват, че Макута Теридакс се е преоблякъл като Думе и е поел контрола над Вахки (роботи за опазване на обществения ред). Планът му е да приспи маторанците, да изтрие спомените им и да ги събуди отново "като техен завоевател". Тоа побягват, но са нападнати от Теридакс. Комбинирайки елементарните си сили, те успяват да запечатат Теридакс в затвор от кристализирана протодерма. Тоа заминават за нов остров, който по-късно става известен като Мата Нуи, като се заклеват да се върнат, за да спасят матораните.
2005 - Мрежа от сенки
Те се връщат. На острова обаче царуват злият крал Сидорак и неговият наместник Роодака, а на помощ идват жестоки паякообразни същества, наречени Висорак. Скоро тоа са заловени и мутират в зверски тоа Хордика. За да се върнат към нормалното си състояние, Тоа потърсили легендарния Рахи Китонгу. Тоа Вакама обаче предал останалите Тоа и се присъединил към Сидорак, който го направил водач на Визорак. Другите Тоа се изправили срещу ордата на Висорака в голяма битка и убедили Вакама да се присъедини към тях. След това Вакама заповядал да освободят Висорака. След това Китонгу убил Сидорак, когото Родака и Вакама предали. След това шестимата Тоа победили Роодака с всичките си шест елементарни сили. Това обаче имало страничен ефект - освободил се Макута, защото Роодака носел фрагмент от неговия затвор. По тази причина Тоа я ударили. След като били възстановени от Китонгу, Тоа Метру пренесли Матораните на нов остров. Когато пожертвали силата си, за да събудят Маторан, те се превърнали в Турага, а по-късно основали нови селища на този остров, наречен Мата Нуи.
2006 - Островът на съдбата
Тоа Нува научи, че Мата Нуи не само спи, но и умира. За да го спасят, те трябва да пътуват до остров Воя Нуи и да потърсят мистериозната Канохи Игника - Маската на живота. Тоа Нува се впускат в това приключение, но бързо попадат в плен на шестима нови и могъщи врагове - Пирака: Зактан, Хакан, Везок, Ток, Рейдак и Авак. Те търсят маската за собствените си тъмни цели. Когато тоа не се завръщат, група от шестима маторанци ги преследва. Джалер, Хахли, Хевкии, Нупару, Конгу и Маторо избягали на острова в канички за Тоа, но докато пътували, светлинни болтове от Червената звезда ги превърнали в Тоа Иника. При пристигането си те научават за Пирака и как са поробили местните маторианци, като са се представяли за фалшиви Тоа, за да накарат маторианците да им построят крепост. С помощта на малка маторска съпротива и древния пазител Аксън Тоа Иника успяват да освободят Тоа Нува, да намерят храма на маската и да се сражават с Пирака, както и с другите същества, които го пазят. В крайна сметка те излизат победители заедно с Канохи. Но Маската на живота притежава собствена воля и в последния момент избягва всички тях, устремявайки се в морските дълбини.
2007 - Море от мрак
След преследването на Маската на живота тоа Иника се спускат във водите, след като получават мистериозната подсказка "спаси потъналия град" от неизвестен маторан, който спасява Хали от удавяне с цената на това, че той умира от декомпресионна болест[14].Избликът на енергия от Маската на живота превръща тоа Иника в дишащи вода форми. Те открили обитаемото село Махри Нуи, което се било откъснало от Воя Нуи и потънало преди хиляда години. Селото било застрашено от древни военачалници, известни като Бараки, които били мутирали от близките мутагенни води, наречени "Ямата". Тоа, сега известни като Тоа Махри, се изправили срещу Бараки, за да оцелеят. Но докато Тоа си върнат маската, Великият дух умира. Осъзнавайки, че все още има надежда, Тоа Маторо се втурнал към ядрото на Вселената и пожертвал живота си, за да съживи Мата Нуи. В последните мигове от живота си Тоа Маторо използвал силата на маската, за да телепортира Тоа Махри обратно на Метру Нуи и да им позволи отново да дишат въздух. Животът на Великия дух е спасен, но той все още трябва да бъде събуден.
2008 - Последната битка
След като Артаха им дава нови брони и оръжия, Тоа Нува пристигат в Карда Нуи, ядрото на Вселената. Там те се сблъскват с Макута, който се опитва да превърне населението на Av-Matoran - Matoran от Светлина - в Shadow Matoran. Тоа Нува са подпомогнати от пристигането на Таканува, който вече може да контролира Светлината и Сянката благодарение на атаката на сенчеста пиявица, и Тоа Игника, който е самата Маска на живота. Канохи Игника беше направил тяло за себе си, защото искаше да види какво е да си живо същество. С обединените си сили те достигат до структура в центъра на Карда Нуи, наречена Кодрекс, където Тоа Игника трябва да пожертва новото си тяло, за да събуди Мата Нуи. Таканува, с помощта на останалите некорумпирани ав-маторани, върна сенчестите маторани в предишните им състояния. Малко след това Тоа избягали от ядрото, преди енергийната буря, предизвикана от пробуждането на Мата Нуи, да ги унищожи. Макута обаче не успяват да избягат и всички са убити. Обратно в Метру Нуи, пробуждането на Мата Нуи било отпразнувано, но празненството било прекъснато, когато станало ясно, че Теридакс е превзел тялото на Мата Нуи, разкрито като вселената на Матораните. Хващайки духа на Мата Нуи в Маската на живота, той го изпраща да лети в космоса, за да не може бившият Велик дух да се намеси в контрола му над вселената.
2009 г. - Преродената легенда
Историята на Bionicle продължава, след като Мата Нуи е прогонен от тялото си от Макута Теридакс на планета, наречена Бара Магна. С изключение на няколко вида диви животни, Бара Магна е безплодна пустинна планета, която поддържа само няколко ресурса, така че всяко племе на планетата има по няколко воини, наречени глаторианци, които се бият за тях. Тези ресурси, като храна и вода, се разпределят по съответния начин. Селяните на този свят са известни като Агори. Агорите заедно съставляват шест различни племена, всяко от които е свързано с даден регион. След като Маската на живота каца на Бара Магна, тя създава тяло, което Мата Нуи да използва. След това Мата Нуи се съюзява с няколко глаторианци, за да победят обединените сили на Скрал и Ловците на кости - две основни заплахи за селата, и да потърсят начин да се върнат в тялото си. С помощта на новите си приятели глаторианци и агори той разкрива предателя, известен като Метус, и побеждава Скрал и Ловците на кости. Той помага на селата по света да се обединят, като взема всички гигантски части от роботи и ги свързва в голямо прототипно роботизирано тяло, тяло като това, в което живее Вселената на Матораните.
2010 - Краят на пътуването
След като побеждава Скрал и вижда как останалите села се обединяват, Мата Нуи се изправя пред предизвикателството да си върне старото тяло от Теридакс. Той научава, че е създаден от Великите същества на планетата Сфера Магна, която сега е разделена на джунгла (Бота Магна), океанска луна (Аква Магна) и останалата пустинна планета (Бара Магна) в резултат на Войната за ядрото. Мата Нуи също така научава, че преди да бъде построен, е имало предишен робот, който агорите използват като свой дом. Агори от Тесара на име Тардук помага на Мата Нуи, като му показва древен източник на енергия, който може да захрани стария робот.
По време на това последно пътуване двама герои се завръщат, за да завършат битката: Таху, върнал се към първоначалната си форма, за да облече мощната златна броня, и Таканува. Те са подпомагани от Греш. Те се сражават с военачалника на Скакди, Нектан, за да победят Макута и неговата армия; орди от рахкши, въоръжени с топлинно зрение; и Скрал.
Историята продължава, докато силите на Вселената на Матораните и на Глаториан се изправят срещу настъплението на Скакди, Ракши и Скрал. Златната броня, разпръсната от взрива на Макута, е събрана от Таху, Греш и Таканува от многобройните врагове. Таху побеждава военачалника на Скакди Нектан и след това облича бронята, която изпепелява всеки рахкши краата на Бара Магна.
Теридакс заявява, че ще унищожи Бара Магна с гравитационна енергия, докато Мата Нуи не изпъва ръката му нагоре, което кара Теридакс да изпрати енергийна вълна към луните горе. Мата Нуи избутва Теридакс обратно в една от връхлитащите луни, зелената луна на Бота Магна, чийто удар унищожава основния му процесор, което убива Теридакс. След това Мата Нуи скърби за брата, който е можел да има, в съзнанието си.
Финалът завършва, когато Мата Нуи използва силата си и мощта на Маската на живота, за да събере отново Сфера Магна, да излекува мутиралите от ямния мутаген, да върне живота на планетата и да възстанови разрушените географски обекти. Напрежението предизвиква разсейване на силовото му ядро и унищожава прототипа на робота. Когато Глаториан и Тоа откриват Игника невредим на мястото, където е бил Мата Нуи, Мата Нуи им говори от Маската на живота. Той им казва, че бъдещето е тяхно и те трябва да го изградят. След това той остава в спящо състояние в Игника. Агори, маторианци, тоа, глаторианци и всички останали започват нов живот на Сферус Магна.
Бъдещето на Bionicle
Линията играчки Bionicle приключи в края на 2009 г., след като комплектите за 2010 г. бяха завършени за пускане в продажба, и беше заменена през лятото на 2010 г. от Hero Factory - тема на Lego, съвместима с комплектите Bionicle. Но въпреки това историята продължава в сериали, написани от Грег Фарщи онлайн на BIONICLEstory.com.
