Задаване на
Аз съм Андрю Райън и съм тук, за да ви задам въпрос:
Няма ли човек право на потта на челото си?
Не - казва човекът във Вашингтон - тя принадлежи на бедните.
Не - казва човекът във Ватикана - тя принадлежи на Бога.
Не, казва човекът в Москва, тя принадлежи на всички.
Аз отхвърлих тези отговори. Вместо това избрах нещо
различно. Избрах невъзможното. Избрах...
Раптура.
Град, в който художникът не се страхува от цензурата.
Където ученият не е обвързан с дребнавия морал.
Където голямото не би било ограничавано от малкото.
А с потта на челото си
Рапчър може да стане и ваш град.
Андрю Райън
Действието в BioShock се развива през 1960 г. в Рапчър - измислен подводен град. Играчът научава за Рапчър, като слуша гласови записи. Рапчър е създаден от човек на име Андрю Райън, който не харесвал политическите, икономическите и религиозните сили, съществуващи на сушата. Той е искал Рапчър да бъде място, където хората могат да правят и да станат каквото си поискат. Градът е построен тайно през 1946 г. на морското дъно в средата на Атлантическия океан, като за осигуряването на геотермална енергия са използвани подводни вулкани. Научният прогрес в Рапчър се разраствал, защото нямало правителства или религиозни организации, които да поставят ограничения на изследванията. Така Райън довел в града много блестящи учени. Това довело до бързо развитие на инженерните науки и биотехнологиите. Тези учени откриха и ADAM - стволови клетки, събрани от неизвестен вид морски охлюв, за които д-р Бриджит Тененбаум откри, че имат способността да лекуват увредени тъкани и да пренаписват човешкия геном. Тененбаум се обединява с бизнесмена и мафиот Франк Фонтейн, за да създаде плазмидната индустрия, която предлага на клиентите си свръхчовешки физически подобрения. Тененбаум открива, че АДАМ може да се произвежда масово чрез имплантиране на охлюви в стомасите на млади момичета ("малки сестри"), взети от сиропиталища, основани от Фонтейн.
С течение на времето разликата между богатите и бедните се увеличава. Франк Фонтейн създава благотворителни организации в подкрепа на бедната класа. Целта му е била да използва благотворителните си организации, за да манипулира бедните. Той също така направил контрабандна операция, за да снабдява гражданите със забранени предмети от повърхността, като например религиозни материали. Те, заедно с контрола му върху плазмидната индустрия, го направили изключително могъщ. Опитва се да свали Райън, но бунтът е жестоко потушен и се смята, че Фонтейн е мъртъв. Райън поема контрола върху плазмидния бизнес на Фонтейн. В рамките на няколко месеца нова фигура на име Атлас се издига като лидер на недоволната по-ниска класа. В навечерието на Нова година през 1959 г. Атлас и неговите наситени с АДАМ последователи започват нов бунт срещу Райън, който се разпространява из целия Раптър. Райън на свой ред започва да сплита собствените си сили, а параноята му достига такова ниво, че обесва десетки хора, предимно невинни, на главния площад на Рапчър. За да се реши проблемът с недостига на АДАМ, Малките сестри бяха психически обусловени да се скитат из града и да извличат АДАМ от мъртвите, като след поглъщането му го преработват в стомаха си в суров АДАМ. "Големите татковци", подобрени и психически стерилизирани хора в бронирани водолазни костюми, са създадени от д-р Сухонг, ученият, който стои зад много плазмиди, за да защитават Малките сестри в тяхната работа. Недостатък на АДАМ е, че потребителят трябва да прави редовни вливания или да страда от психически и физически проблеми. Тъй като войната накърнява производството и доставките, всеки потребител на АДАМ в града полудява жестоко. По времето, когато играчът пристига, само шепа немутирани хора оцеляват в скривалища.
История
В началото на играта героят на играча Джак е пътник в самолет, който пада в Атлантическия океан през 1960 г., след като организираното общество в Рапчър се е сринало. След като изплува на повърхността, Джак се оказва единственият оцелял от катастрофата и плува до близкия фар на остров, където намира батисфера, която използва, за да потъне в океана и да влезе в град Рапчър. Един ирландец на име Атлас използва служебното радио, намерено в батисферата, за да помогне на Джак да се придвижи до безопасно място. Междувременно Райън, който вярва, че Джак е агент на нация на повърхността, използва автоматичните системи на Рапчър и контролираните от него феромони, за да се опита да убие Джак. Атлас казва на Джак, че единственият начин да оцелее е да използва способностите, дадени от плазмидите, и че трябва да убие Малките сестри, за да извлече техния АДАМ. Дочувайки думите на Атлас, д-р Тененбаум пресреща Джак и го подтиква вместо това да спаси Малките сестри, като му дава плазмид, който ще измести вградените във всяка сестра морски охлюви. Атлас казва, че жена му и детето му са се скрили на подводница, и насочва Джак към нея. Точно когато Джак и Атлас достигат залива, където се намира, Райън я унищожава; разгневеният Атлас моли Джак да убие Райън.
В крайна сметка, след като изпълнява задачи като спасяването на изкуствена гора от загиване и помагането на луд художник да построи своя скулптура, Джак се сблъсква с Райън в офиса си, който играе голф. Райън разкрива истината, която е сглобил. Той е незаконен син на Райън от афера с Жасмин Джолин, танцьорка. Когато Джолийн забременява с Джак, тя, отчаяно нуждаеща се от пари, отстранява ембриона си по хирургичен път и го продава на този, който предложи най-много. Тя не е разбрала, че това е Франк Фонтейн, който е купил сина, което води до смъртта ѝ от разгневения Райън. По-нататък Райън разкрива, че след като е купил ембриона на Джак, Фонтейн го е накарал да изпълнява заповеди, когато му е казал: "Бихте ли били любезни...". След това Джак е изпратен на повърхността, когато започва войната, за да го постави извън обсега на Райън. Когато конфликтът между Фонтейн и Райън стига до задънена улица, на Джак са изпратени инструкции да се качи на самолет с пакет и да използва съдържанието му - револвер, за да отвлече и разбие самолета близо до фара, което да му позволи да се върне в Рапчър като инструмент на Фонтейн. Тъй като Джак е син на Райън, той може свободно да използва батисферната мрежа на Рапчър, която е била блокирана за всички, освен за тези, които са в "генетичния диапазон" на Райън. Накрая Райън кара Джак да го убие, тъй като иска да умре при собствените си условия. Със смъртта на Райън Джак осъзнава твърде късно, че Атлас също е използвал фразата за задействане, за да го контролира. Атлас се разкрива като Фонтейн, който е инсценирал смъртта си, за да отклони Райън от следите му и да поеме контрола над града, оставяйки Джак на милостта на реактивираните системи за сигурност. Д-р Тененбаум и нейните Малки сестри помагат на Джак да избяга през вентилационната система, където той пада и губи съзнание.
Когато Джак се събужда, д-р Тененбаум вече е изключил фразата за задействане. Когато на Фонтейн му става ясно, че губи контрол над Джак, Фонтейн изтъква факта, че Тененбаум е преживяла както Втората световна война като жертва на Холокоста, така и битката в Рапчър, намеквайки, че тя има свой собствен таен план. С помощта на Малките сестри Джак успява да проследи Фонтейн. След като е притиснат в ъгъла, Фонтейн си инжектира огромни количества АДАМ и се превръща в чудовище. Джак се сражава с Фонтейн, като накрая побеждава и позволява на Малките сестри да вземат АДАМ от Фонтейн, убивайки го.
Възможни са три финала в зависимост от начина, по който играчът е взаимодействал с Малките сестри, като всички те са разказани от д-р Тененбаум. Ако играчът не прибере реколтата от Малките сестри (като по този начин спаси живота им), финалът показва петте Малки сестри, които се връщат на повърхността с Джак и живеят пълноценно под неговите грижи, включително завършват колеж, женят се и имат деца; финалът завършва с трогателен тон, като възрастният Джак е заобиколен на смъртното си легло от всичките пет възрастни Малки сестри.
Ако играчът е събрал (и по този начин е убил) всички или почти всички Малки сестри, играта завършва с това, че Джак се обръща срещу Сестрите след победата над Фонтейн, вероятно убивайки ги всички и вземайки техния АДАМ. Тененбаум разказва за случилото се, ядосвайки се на Джак и действията му, с плътен от гняв глас. По-късно във втория финал подводница от клас "Джордж Вашингтон", превозваща ядрени ракети, се натъква на останките от самолета и внезапно е заобиколена от батисфери, съдържащи Спликери. Сплайсърите убиват всички хора на борда на подводницата и поемат контрола над нея.
Ако играчът е убил повече от една Малка сестра, но не достатъчно, за да получи предишния финал, финалът е същият като втория, но тонът на гласа на Тененбаум е тъжен, а не гневен, и има малки промени в диалога.
