Похитителите са ръководени от Зиад Джарра, член на Ал Кайда. Джара е роден в Ливан. През 1996 г. се премества в Германия и се записва да учи немски език в университета в Грайфсвалд. Година по-късно се премества в Хамбург, Германия, и започва да учи авиоинженерство в Хамбургския университет за приложни науки. Докато живее в Хамбург, Джарра се свързва с радикална терористична клетка в Хамбург.
През ноември 1999 г. Джара заминава за Афганистан, където прекарва три месеца. През януари 2000 г. в Афганистан се среща с лидера на Ал Кайда Осама бин Ладен. В края на януари Джарра се връща в Германия, а през февруари получава нов паспорт без афганистански печати, като фалшиво съобщава, че паспортът му е откраднат.
През юни 2000 г. Джара пристига във Флорида през юни 2000 г. Започва да взема уроци по летене, както и да се обучава в ръкопашен бой.
Четирима други похитители са обучени да водят физическа борба с екипажа. Трима от тях са придружавали Джарра на полет 93. Това са Ахмед ал-Нами, Хамза ал-Гамди и Моханд ал-Шехри.
На 3 август 2001 г. планираният пети похитител Мохамед ал-Кахтани лети от Дубай за Орландо, Флорида, САЩ. Той е разпитан от служители, които не вярват, че може да се издържа само с 2800 долара в брой, и подозират, че възнамерява да стане нелегален имигрант, тъй като използва еднопосочен билет. Той е изпратен обратно в Дубай, а по-късно се връща в Саудитска Арабия.
В 5:01 ч. сутринта на 11 септември Джарра се обажда по мобилен телефон от Нюарк на Марван ал-Шехи, пилот на полет 175 на United Airlines, в Бостън. Това обаждане очевидно е било, за да потвърди, че атаките са готови да започнат.
Хазнави и Гамди се качват на борда на самолета в 07:39 ч. и сядат съответно на места 6В и 3D в първа класа. Nami се качи на борда минута по-късно и седна на място в първа класа 3С. Преди да се качи на самолета, Джаррах провел пет телефонни разговора с Ливан, един с Франция и един с приятелката си Айсел Сенгюн в Германия, на която предишния ден изпратил прощално писмо. Той казал три пъти "Обичам те", след което сложил слушалката, когато тя го попитала какво става.
С разгръщането на атаките служителите на въздушното движение започват да издават предупреждения чрез Системата за адресиране и докладване на комуникациите на въздухоплавателните средства (ACARS). Ед Балингер, диспечер на полетите на United, започва да изпраща текстови предупреждения в пилотската кабина на полетите на United Airlines в 09:19 ч., 17 минути след като научава за удара на Полет 175. Балингер е отговарял за няколко полета и е изпратил съобщението за Полет 93 в 09:23 ч. Ballinger получава рутинно ACARS съобщение от Полет 93 в 09:21 ч.: "Добро утро... Хубаво clb (изкачване) от EWR [летище Нюарк]". Съобщението коментира гледката от пилотската кабина и времето и е подписано с инициал "J.", което показва, че идва от Джейсън Дал, който познава Балингер. В 09:22 ч., след като научава за събитията в Световния търговски център, съпругата на Лерой Хоумър, Мелъди Хоумър, изпраща ACARS съобщение до съпруга си в пилотската кабина, в което го пита дали е добре. В 09:24 ч. Полет 93 получава ACARS предупреждение от Ballinger: "Пазете се от всякакво нахлуване в пилотската кабина - два a/c [самолета] удариха Световния търговски център". В 09:26 ч., след като пилотите два пъти се регистрират с рутинен доклад за височината и времето до ръководителя на полети в центъра на FAA в Кливланд, Дал написва набързо грешен ACARS отговор: "Ed cofirm latest mssg plz -Jason". В 09:27:25 ч., когато самолетът навлиза във въздушното пространство на Източен Охайо, екипажът отговаря на рутинно радиосъобщение от ръководителя на полети в Кливланд, който им казва да следят за друг самолет на дванадесет мили и две хиляди метра над тях. Те казаха, че контактът е отрицателен и че търсят. Това е последната комуникация, осъществена от екипажа преди отвличането на самолета.
Отвличането започва в 09:28 ч. По това време полети 11 и 175 вече са се врязали в Световния търговски център, а полет 77 е бил на девет минути от удара в Пентагона. Похитителите на тези полети са изчакали не повече от тридесет минути, за да завладеят самолета, като най-вероятно са атакували, след като знакът за предпазните колани е бил изключен и е започнало обслужването на пътниците. Не е известно защо похитителите на Полет 93 са чакали 46 минути, за да започнат нападението си. Според сведенията на пътниците и екипажа похитителите са завързали червени кърпи на главите си и са скочили от местата си. В 9:28:05 ч., докато полетът се движи на височина 35 000 фута над източната част на щата Охайо, самолетът рязко пада на 685 фута. В 09:28:17 ч., единадесет секунди след началото на снижаването, Кливланд чува мъж да крещи по радиото в пилотската кабина: "Mayday! Майдей! Mayday!" Вторият дрезгав вик гласял: "Хей! Излизай оттук!". Ръководителят на полетите в Кливланд Джон Верт не знаеше източника на чутия зов и можеше да разбере чутото само като "просто някакви грапави, грапави звуци". Той отговорил: "Някой да се обади в Кливланд?", преди да забележи бързото спускане на Полет 93 и да чуе в 09:28:50 ч. друго предаване от пилотската кабина - писъци заедно с още по-отчаян и развален рефрен: "Хей! Излез оттук! Излизай оттук!" Комисията не стига до заключение дали Дал или вторият пилот Лерой Хоумър е подал сигнала за помощ, но когато Мелъди Хоумър и Санди Дал, съпругата на Джейсън Дал, заедно прослушват записа, Мелъди Хоумър твърди, че е разпознала гласа на съпруга си като мъжа, който е крещял. Полетът пада на 685 фута (209 м) за половин минута, преди похитителите да стабилизират самолета на 34 315 фута и скоро да започнат да се изкачват на югоизток. От четирите отвлечени самолета на 11 септември полет 93 е единственият, който излъчва сигнал за бедствие. Вероятно, тъй като пилотите са били предупредени за атаките срещу Световния търговски център и да се пазят от нахлуване в пилотската кабина, когато похитителите ги нападат, те нарочно натискат бутона за разговор на радиомикрофона, така че звуците от борбата в пилотската кабина да бъдат чути от наземните контрольори на FAA и от пилотите на самолети на същата радиочестота. Верт смята, че това е било не само зов за помощ, но и предупреждение. През следващите две минути Верт прави седем опита да се свърже с Полет 93, без да получи отговор, докато други диспечери преместват близките полети от пътя.
Гласовият записвач в пилотската кабина започва да записва последните тридесет минути от полет 93 в 09:31:57 ч. В този момент той записва гласа на похитителя, за когото се смята, че е Джара, който говори с прекъсване на английски език с акцент и диша и се задъхва тежко, очевидно от усилие, може би от борба: "Дами и господа: тук е капитанът. Моля, седнете, запазете местата си. Имаме бомба на борда. Така че седнете." Комисията смята, че Джарра се е опитал да направи съобщение на пътниците, но е натиснал грешния ключ, изпращайки съобщението до диспечерите в Кливланд; Мохамед Ата е допуснал същата грешка на полет 11. Верт разбрал предаването и се опитал да задържи пилота-отцепник да говори, като отговорил: "Обаждам се на центъра в Кливланд, вие сте неразбираеми. Кажете отново, бавно." Той изпратил ново текстово предупредително съобщение до Полет 93: "Висока степен на сигурност. Обезопасете пилотската кабина." Верт помолил другите пилоти в своя сектор да следят Полет 93, за да държат под око отвлечения самолет.
Записите от полета показват, че ранен мъж, за когото се предполага, че е Дал, стене в пилотската кабина. Мъжът моли: "Не повече" или "Не" многократно, докато похитителите му крещят да седне и да спре да пипа нещо. Санди смята, че Дал е предприел действия, за да попречи на похитителите, включително вероятно е изключил автопилота и е пренасочил радиочестотата на самолета, така че опитите на Джарра да комуникира с пътниците вместо това да бъдат предадени на ръководителите на въздушното движение.
Том Бърнет провежда няколко телефонни разговора със съпругата си, започвайки в 09:30:32 ч. от редове 24 и 25, въпреки че му е отредено място на ред 4. Бърнет обяснява, че самолетът е бил отвлечен от мъже, които твърдят, че имат бомба. Той също така казва, че един пътник е бил намушкан с нож и че според него бомбената заплаха е била уловка за контролиране на пътниците. Той й казал да се обади на властите, след което сложил слушалката. По време на второто си обаждане Бърнет казал, че прободеният пътник е мъртъв; проверил за пулс, но не открил такъв. Смята се, че жертвата е пътникът Марк Ротенберг. Ротенберг е единственият пътник от първа класа, който не се е обадил по телефона след отвличането. Ротенберг е седял в 5Б, а Хазнауи е седял точно зад него в 6Б. При полет 11 Сатам ал-Суками на седалка 10Б нападнал пътника Даниел Левин, който седял точно пред него на седалка 9Б. Едно от предположенията е, че Хазнауи е нападнал Ротенберг, без да го провокира, за да сплаши другите пътници и екипажа и да ги накара да се подчинят. Алтернативно, Ротенберг може да се е опитал да спре отвличането и да се изправи срещу похитителите. Съпругата на Бърнет го информира за нападенията срещу Световния търговски център и той отговаря, че похитителите "говорят за разбиване на този самолет. ... О, Боже мой. Това е самоубийствена мисия". Той започнал да я пита за информация относно нападенията, като от време на време я прекъсвал, за да каже на останалите наблизо какво казва. След това се обадил. В следващото си обаждане Бърнет, който бил информиран за нападението срещу Пентагона, казал, че подготвя план и че "една група" му помага. Той завършил последното си обаждане с думите: "Не се притеснявайте, ще направим нещо".
В пилотската кабина раненият продължава да стене и сякаш повтаря изключването на автопилота, тъй като в 09:40 ч. се чуват звуци от клаксона, които показват, че похитителите многократно са имали проблеми с автопилота и са си играели със зеленото копче. "Това зелено копче?" - пита единият от похитителите другия на арабски език. Другият похитител отговаря: "Да, това е то." В 09:41:56 ч. раненият със стенещ тон казва: "О, човече!".
